Фамилия Бекишова — женская форма мужской фамилии Бекишов. Её основа — прозвище или неканоническое имя Бекиш. Слово «бекиш» имеет тюркское происхождение и восходит к «бек» (князь, господин, предводитель). В тюркских языках аффикс «-иш» может придавать слову значение уменьшительности или принадлежности, так что Бекиш — это, скорее всего, «маленький бек» или «сын бека». Такие имена-титулы были распространены в среде татар, башкир, казахов и других народов, входивших в состав Российской империи.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: к основе на согласный добавляется патронимический суффикс «-ов» (чьей семьи? — Бекишевых). Суффикс «-ов» указывает на принадлежность к роду человека по имени или прозвищу Бекиш. Встречаются также варианты Бекишев (с более мягкой основой) — это однокоренная фамилия, образованная по той же модели, но от другой диалектной формы имени.

Географически фамилия Бекишова чаще всего фиксируется в Поволжье и на Урале, особенно в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области. Это указывает на тюркские корни предков: носители фамилии, скорее всего, потомки служилых татар или башкир, которые после присоединения этих земель к России получали русские фамилии по имени отца. В сословном отношении предки могли быть как рядовыми общинниками, так и представителями мелкой знати — «беками» на местном уровне.

Интересная деталь: в русских документах XVII–XVIII веков слово «бекиш» изредка встречается как прозвище — его давали человеку, который держался с достоинством, по-княжески, или, напротив, иронично — за чрезмерную важность. Так что фамилия могла закрепиться не только за потомками реальных беков, но и за людьми, получившими такое прозвище за характер или поведение.