Фамилия Бекишев происходит от личного имени Бекиш, а оно, в свою очередь, сложено из двух тюркских корней: «бек» (князь, повелитель, господин) и «иш» («товарищ, помощник; ровня, равноценный; а также «пара, прибавление»). Имя Бекиш можно перевести как «равный князю» или «второй князь». В тюркской традиции компонент «иш» в значении «добавка» часто давали мальчикам, родившимся после смерти старших братьев, — как знак того, что он «замена» или «продолжение» рода.

Существует и другая версия, менее вероятная, но имеющая право на упоминание. Она связывает фамилию не с именем, а с прозвищем Бекиш, которое восходит к венгерскому слову «бекеш» — «кафтан на меху». В этом случае прозвище мог получить либо любитель такой одежды, либо портной, который её шил. Однако тюркская основа выглядит убедительнее: имя Бекиш встречается в старых записях как полноценное личное имя, а не как бытовое прозвище.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или шипящий. Суффикс указывает на принадлежность: Бекишев — «сын Бекиша» или «потомок Бекиша». Такая модель типична для фамилий, возникших в среде служилых татар и других тюркских народов, перешедших на русскую ономастику.

География фамилии сегодня не ограничивается одной областью. Бекишевых можно встретить и в Поволжье, и на Урале, и в Сибири, что говорит о давнем расселении рода. В некоторых регионах фамилия могла писаться через «а» — Бакишев, но это уже результат адаптации к местным говорам.

Окончательно установить, когда и где конкретная ветвь Бекишевых получила фамилию, можно только по архивным документам. Но в целом фамилия — яркий пример того, как тюркское имя органично вошло в русский быт и закрепилось в фамильной традиции.