Фамилия Бекишиева — женская форма фамилии Бекишиев, и её разбор стоит начать с основы, которая неочевидна для носителя русского языка. В центре — корень «Бекиш-», который, скорее всего, восходит к тюркскому имени или прозвищу. В тюркских языках «бек» (или «бий») — это «князь», «господин», «вождь», а уменьшительно-ласкательный суффикс «-иш» (как в именах Келиш, Алиш) превращает его в «Бекиш» — «маленький бек», «князёк» или ласковое обращение к знатному человеку. Таким образом, фамилия в исходной мужской форме означала «потомок Бекиша» или «принадлежащий Бекишу».

Словообразовательная модель здесь — классическая для многих народов Кавказа и Поволжья: к тюркскому имени добавляется русский патронимический суффикс «-ев» (по аналогии с Иванов, Петров), а затем, при образовании женской формы, окончание «-а». Это указывает на то, что фамилия формировалась в зоне активного русско-тюркского контакта, скорее всего, в среде кумыков, ногайцев, татар или азербайджанцев, где имена на «-бек» были распространены, а затем русифицировались при записи в метрики или переписи.

Географически фамилия Бекишиева наиболее характерна для Дагестана (особенно среди кумыков) и Чечни, реже встречается в Азербайджане и у астраханских татар. В этих регионах имя Бекиш могло быть не только личным, но и прозвищем по социальному статусу — например, так могли называть младшего сына бека или человека, выделявшегося властностью, но не имевшего официального титула.

Стоит избегать соблазна связать фамилию с русским словом «бекиш» (устаревшее название кожаной обуви) — это омоним, не имеющий отношения к антропонимике. В ономастических работах по тюркским фамилиям (например, в исследованиях А. Суперанской) модель «имя на -бек + русский суффикс» описывается как типичная для позднего формирования фамилий у народов Северного Кавказа в XIX—XX веках. Таким образом, предки носительницы фамилии Бекишиева, вероятно, происходили из среды, где ценилось родовое имя с отсылкой к знатности, но сама фамилия закрепилась уже в русскоязычной бюрократической среде, что и привело к её современному виду.