Фамилия Беюккишиев — редкий пример, который выводит нас за пределы славянской ономастики прямо в тюркский мир. Её основа — азербайджанское или турецкое имя Беюккиши, где «бейюк» (böyük) значит «большой, великий, старший», а «киши» (kişi) — «человек, мужчина». Вместе получается «старший мужчина», «великий человек» или «глава». Это не прозвище в привычном для русских фамилий смысле, а личное имя или почётное обращение, которое закрепилось за родоначальником.

Русский суффикс -ев присоединился к тюркской основе уже на территории Российской империи, когда фамилию записывали в официальных документах (метриках, ревизских сказках). Это типичная модель для фамилий тюркского происхождения: имя на -и оканчивается, и суффикс -ев образует притяжательную форму — «чей?» — «Беюккишиев», то есть «потомок Беюккиши».

География фамилии почти наверняка связана с Азербайджаном или тюркоязычными регионами Северного Кавказа (например, с лезгинскими или талышскими общинами, где распространены сложные имена с компонентом «киши»). В России носители встречаются редко, в основном в Дагестане и в крупных городах, куда мигрировали в XX веке.

Стоит отметить, что в азербайджанском языке существует и фамилия Бёюккишиев (с буквой «ё»), но в русской записи через «е» она закрепилась как Беюккишиев. Разница только в орфографии, корень один. Других версий происхождения — например, от географического названия или профессии — для этой фамилии нет: слишком прозрачна и однозначна её именная основа.