Фамилия Чаплухин образована по продуктивной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Чаплухин, то есть сын или потомок Чаплуха. Основа же — прозвище Чаплух, которое звучит необычно и требует разбора.

Прозвище Чаплух, скорее всего, связано с глаголом «чапать» или «чавкать» в диалектном значении. В южнорусских и украинских говорах «чапать» — хватать, брать, а также идти, месить грязь. Отсюда «чаплун» или «чаплуха» — человек, который ходит вразвалку, шлёпает по воде, или же тот, кто хватает всё подряд, неуклюжий. Вторая версия отсылает к слову «чапля» — цапля (южнорусская форма). Тогда Чаплух — прозвище долговязого, худого человека с длинными ногами или характерной походкой, как у цапли.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «чап» — быстрый, резкий, или с глаголом «чапать» в смысле «рубить» (ср. «чапур» — лесоруб). Но для фамилии Чаплухин эта гипотеза слабая, так как суффикс -ух- типичен именно для русских прозвищ, образованных от глаголов или звукоподражаний (пискун — пискуха, ворчун — ворчуха). Чаплух — скорее всего, человек, который «чапает» (шлёпает, хлюпает) или напоминает цаплю.

Фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южных областях России, а также у потомков переселенцев из Украины. В документах XVII–XVIII веков прозвище Чаплуха фиксируется среди крестьян и однодворцев, что указывает на простонародное происхождение. Дворянских родов с такой фамилией не отмечено.