Фамилия Чарачкина — редкая и по-своему загадочная, её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён или названий профессий, эта фамилия, скорее всего, восходит к прозвищу, связанному с диалектным словом.

В основе фамилии лежит слово «чарак» или «чарачка». В южнорусских и украинских говорах «чарак» — это невысокий глиняный сосуд, миска или плошка. В некоторых диалектах так называли также черепок, осколок глиняной посуды. Прозвище Чарачка мог получить человек, который делал такую посуду (гончар), либо — с иронией — человек маленького роста или хрупкого телосложения. Вторая версия, менее распространённая, отсылает к слову «чара» (кубок, ковш для вина) — тогда прозвище могло закрепиться за любителем выпить.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Чарачкин — «сын Чарачки», а Чарачкина — женская форма фамилии. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён и названий профессий, суффикс -ин нередко присоединялся к прозвищам, оканчивающимся на -а/-я, что подтверждает прозвищное происхождение.

Фамилия крайне редкая. Согласно данным открытых источников, её носители в основном встречаются в центральных и южных регионах России, а также на Украине. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет — она осталась в разряде «тихих» фамилий, принадлежавших крестьянам или ремесленникам. В дореволюционных переписях Чарачкины могли записываться как «Черачкины» из-за акающего произношения, поэтому поиск по архивным документам стоит вести с учётом обоих вариантов написания.