Фамилия Чарушкина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Чарушкин. Её происхождение связано с прозвищем или мирским именем, образованным от слова «чарушка» — так в старину называли небольшую чашу, ковш или чарку для питья. Человек, получивший такое прозвище, мог быть либо любителем выпить, либо, напротив, мастером, делавшим деревянную или глиняную посуду. В пользу второй версии говорит распространённость подобных фамилий среди ремесленников: в русских говорах «чарушник» — это тот, кто изготовляет чашки и ковши.

Модель образования типична для русского Северо-Запада и Поволжья: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын или дочь Чарушки. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще привязывались к отчествам на твёрдый согласный, -ин добавляли к основам на -а/-я. Это делает фамилию однокоренной с более редкими Чарушников, Чарушев и даже Чаркин, где корень тот же, но суффиксальная часть разная.

Интересно, что слово «чарушка» встречается в диалектах Вологодчины и Архангельской области, и именно там фамилия Чарушкин (и её женский вариант) исторически могла быть особенно частой. В писцовых книгах XVII века упоминаются крестьяне с прозвищем Чарушка — не как имя, а как бытовое обозначение человека, связанного с посудой. Сословно фамилия не была дворянской: её носили в основном крестьяне и посадские люди, что подтверждается отсутствием в списках столбового дворянства.

Если отталкиваться от самого редкого варианта — от личного имени Чаруша (уменьшительного от церковного Харитон или Чарльз в западных областях), то это маловероятно: в русских святцах такого имени нет, а заимствования среди простонародья были единичны. Поэтому самая правдоподобная версия — прозвище по занятию или привычке, а не по имени. Для носительницы фамилии Чарушкина это означает, что её предки, скорее всего, либо делали посуду, либо жили в северных краях, где слово «чарушка» было в ходу до XIX века.