Фамилия Чебокчинов — редкий случай, когда географическое название не просто легло в основу, а сохранило исходную форму почти без изменений. Корень здесь очевиден: город Чебоксары, столица Чувашии. Однако механизм образования фамилии нестандартен. Обычно жителя Чебоксар назвали бы Чебоксаров или Чебоксарцев (по модели «житель + -ов»). Вместо этого мы видим суффикс -ин, но не присоединённый напрямую к основе «Чебоксар-», а к усечённой форме «Чебокс-» с дополнительным суффиксом -к-: Чебокс + к + ин + ов. Получается цепочка: «чебокчи́н» (человек из Чебоксар) → «Чебокчинов» (его потомок).

Такая модель — «город + -к- + -ин» — характерна для северных и сибирских говоров, где охотно образовывали прозвища вроде «москви́н» (житель Москвы), «тверя́к» или «вятча́нин». Суффикс -к- в данном случае — не уменьшительный, а скорее разговорно-пренебрежительный или просто уличный, свойственный народной речи. То есть предка могли называть «Чебокча́» или «Чебокчи́н» — «этот, из Чебоксар», не уточняя, чуваш он или русский, купец или крестьянин. А затем фамилию «подогнали» под стандартный патронимический суффикс -ов, характерный для русских фамилий центральной России.

В ономастических справочниках фамилия не зафиксирована — её нет ни у Унбегауна, ни у Никонова. Это говорит о её локальности и, вероятно, позднем оформлении (XIX век). Встречается она почти исключительно в Поволжье, особенно в Чувашии и Татарстане, а также среди мигрантов из этих мест. Интересно, что носители фамилии часто и сами не связывают её с Чебоксарами, полагая, что корень — «чебок» (якобы чувашское слово). На самом деле чувашское название города — Шупашкар, и к фамилии оно прямого отношения не имеет. Перед нами чисто русская адаптация чужого топонима: город называли на русский лад «Чебоксары», а его жителя — «чебокчи́н». Так фамилия сохранила ту самую народную, уличную форму, которая в официальных документах почти не встречается.