Фамилия Чебокина — женская форма от Чебокин, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В ней нет ни типичного суффикса -ов/-ев, ни -ин, который указывал бы на принадлежность отцу. Вместо этого мы видим суффикс -ин, но основа — не имя и не профессия, а географическое название. Самая прямая и правдоподобная версия: фамилия образована от названия города Чебоксары. В русской ономастике известны случаи, когда выходцам из крупных городов давали прозвища по месту жительства: москвич становился Москвиным, туляк — Тулиным, а житель Чебоксар — Чебокиным. Чебокин — это тот, кто родом из Чебоксар, то есть «чебоксарец». Форма Чебокина, соответственно, — жена или дочь такого человека.

Менее вероятна, но допустима версия от прозвища Чебока. В некоторых говорах «чебок» или «чебак» могло означать рыбу (леща или плотву) — слово того же корня, что и «чебак» в значении «рыба» в волжских говорах. Тогда прозвище Чебока мог получить рыбак или человек с какой-то рыбьей чертой (например, молчаливый, скользкий). Однако эта версия упирается в то, что суффикс -ин в фамилии Чебокин нестандартен для прозвищ на -а: обычно от таких прозвищ образуют фамилии на -ин, но здесь основа оканчивается на -ок, что даёт Чебокин, а не Чебакин. Географическая версия объясняет форму проще и естественнее.

С точки зрения сословной принадлежности, Чебокины могли быть как крестьянами, так и мещанами или купцами — фамилия не несёт однозначного указания на социальный статус. Важно, что носители фамилии, скорее всего, концентрировались в Поволжье, в Чувашии и соседних областях, что подтверждается современными данными о распространённости. Встречаются также варианты написания с ударением на второй слог — Чебоки́на, что ближе к произношению названия города.

Если отбросить редкие и натянутые толкования, перед нами типичная «географическая» фамилия, указывающая на предка, который покинул Чебоксары и поселился в другом месте, а его дети и внуки навсегда сохранили память о его малой родине в своей фамилии.