Фамилия Чебоксаринова — редкий случай, когда географическое название стало основой для фамилии напрямую, минуя прозвище. Она образована от названия города Чебоксары, столицы Чувашии. Формат «Чебоксаринов» — это притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, которое указывало на принадлежность: «чей?» — чебоксаринов, то есть «человек из Чебоксар». Суффикс -ов здесь не использован, что указывает на более позднее или диалектное образование: -ин в фамилиях чаще присоединялся к основам на -а/-я.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии не был уроженцем самого города, а получил прозвище «Чебоксарин» по месту жительства или службы. В XVI–XVII веках Чебоксары были важным торговым и административным центром на Волге. Человека, который приехал оттуда или торговал с чебоксарцами, могли называть Чебоксарином. Фамилия закрепилась в форме женского рода — Чебоксаринова — что типично для русских фамилий на -ин: она передавалась по мужской линии, но в документах чаще фиксировалась в женском варианте, если речь шла о вдове или дочери.

Словообразовательная модель проста: топоним Чебоксары → основа Чебоксар- + суффикс -ин + окончание -ов (в мужском роде Чебоксаринов). Чебоксары, в свою очередь, имеют тюркское происхождение: от чувашского «Шупашкар» (название города), где «шу» — вода, «паш» — голова, то есть «главная река». Но фамилия не отражает этой этимологии — она чисто географическая.

В отличие от распространённых «московских» или «тверских» фамилий, Чебоксаринова — узколокальная. Она почти не встречается за пределами Поволжья и центральной России. В переписях XIX века такая фамилия могла принадлежать мещанам или купцам, которые вели дела с Чебоксарами, но не крестьянам — крепостным редко давали фамилии по городам, так как они были привязаны к поместью, а не к месту торговли.

Споров о происхождении нет: версия с топонимом очевидна и единственная. Альтернативные гипотезы — например, от прозвища «Чебоксар» (якобы от чувашского слова) — несостоятельны, так как в русской ономастике такие фамилии всегда вторичны по отношению к названию города. Единственная деталь, которая выделяет эту фамилию среди похожих: она сохранила архаичную форму с суффиксом -ин, тогда как большинство «городских» фамилий (вроде Ростовцев, Тверитинов) используют -ов или -ев.