Фамилия Чеботар — один из тех случаев, когда профессиональное прозвище стало фамилией почти без изменений, без типичных русских суффиксов -ов, -ев или -ин. Это так называемая «неоформленная» фамилия, то есть застывшее прозвище в чистом виде. В основе лежит украинское или южнорусское слово «чоботар» (чеботар) — сапожник, мастер по изготовлению обуви, особенно сапог (чоботов). Такая модель образования характерна для украинской и белорусской ономастики, где фамилии часто оканчиваются на согласный: Швець, Коваль, Бондар. В русской среде прозвище Чеботар могли дать пришлому мастеру или человеку, который носил особенно заметную обувь, но основная версия — ремесленная.

Интересно, что слово «чеботарь» в старину обозначало не просто сапожника, а мастера высокого разряда, который шил сапоги из дорогой кожи, нередко с вышивкой. В отличие от «лапотника» или «поршня», чеботарь считался ремесленником с достатком. Поэтому предок-носитель фамилии, скорее всего, был не бедняком, а уважаемым городским или сельским мастеровым. Фамилия распространена на юге России, в Белгородской, Воронежской, Ростовской областях, а также на Украине и в Молдавии. Встречаются варианты написания через «а» — Чебатар, что отражает местное акающее произношение.

Географически фамилия Чеботар чаще всего фиксируется в казачьих областях. У донских и кубанских казаков ремесленные прозвища нередко становились фамилиями без дополнительных суффиксов, так как казачий быт требовал лаконичности. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Чеботарёв — это уже «обрусевшая» форма, где добавился суффикс принадлежности, а Чеботар — исходный, более древний вариант. В документах XVII–XVIII веков можно встретить запись «Чеботар» как прозвище, например, у запорожских казаков в реестрах Войска Запорожского. Таким образом, фамилия Чеботар — прямое указание на профессию предка, сохранившееся в архаичной, бессуффиксной форме.