Фамилия Чефонов произошла от прозвища Чефон. Скорее всего, оно восходит к нарицательному «чапон» в значении «традиционная мужская распашная одежда у народов Средней Азии; крестьянский верхний кафтан на Руси». Таким образом, прозвище, очевидно, относилось к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности предка. Так могли называть портного или швею. Кроме этого, прозвище могло говорить о национальности его носителя. Возможно, Чефон был выходцем из стран Средней Азии. Таким образом, потомок человека, которого звали Чефон, со временем получил фамилию Чефонов.