Фамилия Чафонов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркского прозвища Чафон. Фамилия Чафонов предположительно образована от прозвища Чафон, которое является фонетическим вариантом таджикского слова «чапон». Чапоном таджики называют кафтан из ткани, иногда подбитый мехом. Такие кафтаны носят в Средней Азии и Восточной Европе. В украинском языке чапоны называются жупанами, а в русском — зипунами. Таким образом, прозвище Чафон мог получить человек, постоянно ходивший в чапоне. Также прозвище Чафон может относиться к профессиональным именованиям и указывать на род занятий предка: он мог быть портным, то есть заниматься пошивом чапонов.