Фамилия Чекелис — редкий случай, когда русская по форме фамилия почти наверняка имеет иноязычные корни, и её происхождение стоит искать не в славянских наречиях, а в балтийских языках. Скорее всего, перед нами литовская или латышская фамилия, адаптированная к русскому окончанию.

Разберем словообразовательную модель. В русской традиции фамилии на -ис, -ас, -ус (Чекелис, Балтрушайтис, Янкус) — это, как правило, прямой перенос литовских фамилий, где окончание -is указывает на мужской род. Исходная литовская форма — Čekelis. Если отбросить окончание, остается основа Čekel-. Скорее всего, в её основе лежит литовское слово čekėti — «стучать, цокать, щелкать» или čekė — «щепка, лучина». Прозвище Чекелис могли дать человеку с характерной походкой (цокающего) или же мастеру, работающему с деревом, — столяру, плотнику, который «чекает» (стучит, тешет). Возможна и связь с личным именем Čekas — уменьшительной формой от какого-либо полного имени.

Географически фамилия Чекелис тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи: Литве, Латвии, а также к западным губерниям Беларуси, где исторически было сильное литовское влияние. В русских документах XIX — начала XX века такие фамилии часто записывали на слух, поэтому могли быть варианты Чикелис, Чокелис. Встречается она и у поляков, но там корень может быть иным — от польского czekać («ждать»), хотя балтийская версия выглядит убедительнее из-за типичного суффикса.

Таким образом, носитель фамилии Чекелис, скорее всего, потомок литовца или латгальца, получившего прозвище по роду занятий (ремесленник, работающий с деревом) либо по внешней или поведенческой примете. В социальном плане это, вероятно, крестьянское или мещанское прозвище, которое закрепилось как фамилия в период массового присвоения фамилий в балтийских губерниях в XIX веке.