Фамилия Чехутенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках закрепилась в Поднепровье и Слобожанщине. Суффикс -енко в украинской ономастике — это почти всегда «сын» или «потомок», то есть Чехутенко буквально означает «сын Чехуты». Основа здесь — прозвище или уменьшительное имя Чехута.

С корнем фамилии сложнее. Самая вероятная версия: Чехута — это производное от «чех». В украинских говорах «чех» могло означать не только представителя западнославянского народа, но и человека, который брил бороду или носил одежду на чешский манер. В XVII веке, после Битвы на Белой Горе, многие чехи-протестанты переселялись на восток, оседали в Речи Посполитой и на землях Войска Запорожского. Прозвище Чех или Чехута мог получить как настоящий чех, так и местный житель, перенявший их обычаи.

Менее распространённая гипотеза связывает Чехуту с диалектным глаголом «чехати» — стучать, цокать, или с польским «czechotać» — болтать, трещать. В этом случае прозвище могло характеризовать говорливого или суетливого человека. Но связь с этнонимом «чех» выглядит убедительнее, потому что фамилии с корнем Чех- (Чехов, Чех, Чехович) широко распространены в восточнославянской ономастике, и украинский суффикс -ута (-ута) как раз служит для образования уменьшительных форм: Чехута — «маленький чех» или «сын чеха».

Географически фамилия Чехутенко сконцентрирована на востоке Украины и в прилегающих областях России. По данным переписей и телефонных справочников, чаще всего её носители встречаются в Харьковской, Сумской и Полтавской областях, а также в Краснодарском крае. Это подтверждает ареал украинской колонизации XVII–XIX веков.

Сословная принадлежность предков Чехутенко, скорее всего, была казацкой или крестьянской. Фамилии на -енко в малороссийских губерниях носили в основном потомки реестровых казаков, мещан и государственных крестьян. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано — это простонародная модель, которая не давала привилегий, но чётко указывала на происхождение из украинской среды.