Фамилия Чехутина — женская форма фамилии Чехутин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Чехута. Основа здесь — древнерусское слово «чех» или «чеха». Вопреки интуитивному ожиданию, речь идет не о национальности (чех), а о старом диалектном значении: «чех» — это человек с каким-либо физическим недостатком, калека, или же тот, кто ходит вперевалку, «чехает». В псковских и тверских говорах «чехой» называли также неопрятного, неряшливого человека. Таким образом, Чехута — это либо прозвище по внешнему признаку или походке, либо уменьшительно-уничижительная форма от имени Чех.

Суффикс -ин в основе Чехутин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Чехуты. Это типичная модель для русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках. Фамилия довольно редкая и имеет локальный характер: по данным переписей и метрических книг, основное гнездо Чехутиных — это северные и центральные губернии России, особенно Вологодская и Архангельская области. Там слово «чех» в значении «калека» или «хромой» было в ходу еще в XIX веке.

Встречается вариант Чехуткин — с суффиксом -к-, который в северных говорах мог быть фамильным патронимическим показателем, а не просто уменьшительным. Оба варианта восходят к одному корню и не связаны с чешским народом — это чисто русское прозвищное имя, зафиксированное в ономастиконе С. Б. Веселовского. Предки носительницы фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, получившими фамилию по прозвищу родоначальника, которое со временем утратило свой первоначальный смысл.