Фамилия Чекмурин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа не лежит на поверхности, и однозначного толкования нет, но ономастика позволяет выдвинуть две основные версии, одна из которых значительно правдоподобнее другой.

Фамилия образована с помощью стандартного русского патронимического суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Чекмурин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Чекмура. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединяется к основам на -а, -я, что и наблюдается в данном случае.

Наиболее вероятная версия связывает прозвище Чекмура с тюркскими языками. В них корень «чек» (çek, чек) часто означает «тянуть», «тащить», «испытывать», а «мур» (mur) в некоторых диалектах — «печаль», «горе», «беда». Вместе это могло сложиться в прозвище человека, который «тянет горе», то есть терпеливого, многострадального, или, напротив, того, кто навлекает на других неприятности. В татарском языке есть слово «чикмә» (чичкә) — «оспа», что также могло лечь в основу прозвища, данного человеку со следами этой болезни. Учитывая широкое расселение тюркских народов и их взаимодействие с русскими в Поволжье и Приуралье, эта версия выглядит наиболее обоснованной.

Вторая, менее убедительная гипотеза, пытается вывести фамилию из русского слова «чекурить» или «чекушить» — диалектного глагола со значением «бить», «колотить», «рубить». В этом случае Чекмура могло быть прозвищем драчуна или лесоруба. Однако такая версия слаба, так как слово «чекурить» не образует естественного промежуточного варианта «чекмура» — скорее, от него пошли бы фамилии вроде Чекуров или Чекушин. Кроме того, суффикс -ур- не типичен для русских прозвищ, тогда как тюркская основа объясняет форму намного логичнее.

Исторически фамилия Чекмурин могла закрепиться за крестьянами или служилыми людьми из регионов с сильным татарским или башкирским влиянием — например, из бывшей Казанской губернии или Оренбургской области. В любом случае, это фамилия, которая прямо указывает на прозвище предка, а не на его профессию или место жительства, что делает её типичным примером «прозвищной» русской фамилии с иноязычным корнем.