Фамилия Челнинцев — хороший пример того, как прозвище или географическое название закрепляется в виде фамилии, пройдя через цепочку суффиксов. Основа здесь — «Челна», и это почти наверняка отсылка к реке или населенному пункту. Самый известный топоним — город Набережные Челны в Татарстане, но исторически рек с названием Челна (или Челны) несколько: есть в Пермском крае, есть в Свердловской области. Поэтому предок носителя фамилии мог быть выходцем с берегов одной из таких рек или из села, стоявшего на ней.

Модель образования многоступенчатая. Сначала появилось прозвище «Челна» — так могли назвать человека, жившего на Челне или переселившегося оттуда. Затем к основе добавился суффикс -ин-, который в русских фамилиях часто указывает на принадлежность: «чей?» — Челнин (сын человека по прозвищу Челна). Но на этом процесс не остановился: к фамилии Челнин прирос ещё один патронимический суффикс -цев, характерный для северных и центральных регионов России (сравните: Иванов → Иванцев, Петров → Петровцев). Таким образом, Челнинцев буквально означает «внук Челны» или «потомок Челнина». Такая двойная суффиксация встречается нечасто и делает фамилию более поздней по времени формирования — скорее всего, XVII–XVIII век.

Версия о происхождении от ремесла маловероятна. Слово «челн» (лодка) могло бы лечь в основу прозвища «Челна» для лодочника или перевозчика, но тогда фамилия звучала бы как Челнов или Челнин — без наращения -цев. Двойной суффикс упорно указывает на то, что в основе лежало именно личное именование или топоним, а не предмет. Спор о том, от какого именно Челна пошла фамилия, остаётся открытым, но географическая привязка к Прикамью или Среднему Уралу выглядит самой надёжной: именно там сосредоточены старые поселения с таким названием.

Сословно Челнинцевы, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано, а сложная суффиксация типична для простонародной среды, где фамилии складывались стихийно и часто фиксировали место выхода целой семьи.