Фамилия Ченубытов — редкая и неочевидная для быстрого разбора. Её основа не лежит на поверхности, и здесь мы имеем дело не с типичным прозвищем от профессии или внешности, а скорее с переосмысленным географическим названием или тюркским антропонимом.

Первый и самый правдоподобный вариант связывает фамилию с топонимом Ченубыт. В Забайкалье, на территории бывшей Читинской области (сейчас Забайкальский край), существует река Ченубыт. Название реки, скорее всего, эвенкийского происхождения: «ченэ» — тёмный, чёрный, а «быт» (или «бит») — место, стоянка. Таким образом, Ченубыт — «тёмное место» или «стоянка на тёмной реке». Фамилия могла закрепиться за первопоселенцем или казаком, который жил на этой реке или происходил из тех мест. Подобная модель образования фамилий от названий малых рек (например, Иркутов, Читинцев) хорошо известна в Сибири.

Второй вариант — тюркское происхождение прозвища. В татарском и башкирском языках есть имя Чен (Чин) — «искренний, верный», и слово «убыт» (убыт) — «убыток, потеря». В этом случае Ченубыт могло быть прозвищем, которое дали человеку, потерпевшему убыток по своей честности, или же именем-оберегом, которое должно было отвести от ребёнка настоящий убыток. Суффикс -ов указывает на русское оформление фамилии, что типично для фамилий тюркского корня в среде крещёных татар или башкир.

Встречаются ли единичные носители фамилии Ченубытов за пределами Сибири — вопрос открытый, но её концентрация в Забайкалье и Бурятии подтверждает первую, географическую версию. Фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной, что делает её своеобразным маркером происхождения из конкретного региона.