Фамилия Чепеус — редкий пример, когда основа не славянская, а тюркская, и при этом фамилия оформлена по русской модели. В ней нет привычного суффикса -ов или -ин, который присоединяют к основе, а есть окончание, характерное для фамилий-существительных (как Соловей, Коваль, Бондарь). Это сразу указывает на то, что перед нами не дворянский род, а скорее прозвище, которое закрепилось за человеком и перешло к потомкам без изменений.

Корень «чепеус» восходит к тюркскому слову «чепе» (или «чэпэ») — так в ряде тюркских языков называют вид верхней одежды, халат или кафтан. Вторая часть «-ус» может быть искажением тюркского суффикса или просто результатом фонетической адаптации в русской речи. Таким образом, Чепеус — это «человек в чепе», то есть носитель характерной одежды. В русских говорах слово «чепеус» не зафиксировано, что подтверждает его заимствованное происхождение.

Скорее всего, прозвище дали человеку, который либо шил такую одежду, либо постоянно её носил, либо торговал ею. В XVI–XVII веках, когда активно шло освоение южных и восточных окраин России, контакты с тюркским населением были частыми, и подобные прозвища могли возникать у казаков, торговцев или служилых людей, перенимавших элементы быта соседей.

Географически фамилия встречается крайне редко. Основные очаги — юг России (Ростовская область, Краснодарский край) и Украина. Встречается также в Беларуси, но уже в единичных случаях. Это подтверждает версию о происхождении из зоны тюркско-славянского пограничья.

С точки зрения словообразования, фамилия Чепеус стоит в ряду таких же «нестандартных» фамилий, как Бондарев (через суффикс) и Бондарь (без суффикса). Чепеус — это вариант без суффикса, то есть прозвище напрямую стало фамилией. По этой причине её не стоит путать с фамилиями на -ус, которые в украинской традиции часто имеют польское происхождение (как Янус, Матус). Здесь основа явно тюркская.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Чепеус не упоминается — это указывает на её локальный и, вероятно, поздний характер. Фамилия могла оформиться только в XIX веке, когда крестьянам начали массово давать фамилии, и прозвище закрепилось за семьёй без изменений.