Фамилия Чепиус — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив латинское окончание. В основе лежит слово «чепуха» или, точнее, диалектное «чепуха» в значении «вздор, пустяк, ерунда». Так могли прозвать человека легкомысленного, болтливого или того, кто говорил не по делу. Форма на «-ус» — искусственная или полонизированная, характерная для западнорусских земель (Волынь, Подолье, Гродненщина), где под влиянием польского языка фамилии нередко получали латинизированное окончание. В польской традиции подобные фамилии образовывали от прозвищ, оканчивающихся на согласный, добавляя «-us» для благозвучия.

Словообразовательная модель проста: корень «чеп-» (от «чепуха»), суффикс «-иус» — не типичный для русского языка. В отличие от фамилий на «-ов» или «-ин», которые указывают на принадлежность («чей?»), Чепиус — это застывшее прозвище в именительном падеже. Такие фамилии реже встречаются в центральной России, но распространены в бывших польских и литовских губерниях. Встречаются варианты написания: Чепиус, Чепюс, Чепус — последний мог возникнуть при упрощении или при адаптации в украинской среде.

По сословной принадлежности носители Чепиус могли быть как крестьянами, так и мещанами. В ревизских сказках XIX века эта фамилия фиксируется в Волынской и Киевской губерниях, иногда у православного духовенства, где латинизированные фамилии тоже встречались — как дань моде или образованности. Однако точных данных о знатности или дворянстве нет: скорее всего, это фамилия сельского или городского простонародья.

Интересная деталь: в некоторых говорах «чепуха» означала не только вздор, но и мелкую рыбу (вроде уклейки), так что не исключена и промысловая версия прозвища — для рыбака, который ловил мелочь. Но основная гипотеза остаётся прозвищной: Чепиус — тот, кто несёт чепуху.