Фамилия Чердынкин нечастая, но устроена прозрачно — настолько, что её происхождение угадывается почти сразу. В основе лежит географическое название: город Чердынь на севере Пермского края, один из древнейших на Урале. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чердынкин буквально значит «сын человека из Чердыни» или «выходец из Чердыни». Модель образования та же, что у фамилий Москвин, Тверитин, Вязьмитин, только с другим суффиксальным оформлением.

Чердынь в XV–XVII веках была важным торговым и административным центром, через неё шёл путь в Сибирь. Житель Чердыни назывался чердынец, отсюда прозвище Чердынка — так могли прозвать переселенца, который перебрался в другой регион и сохранил память о малой родине. Фамилия Чердынкин, скорее всего, сложилась в центральной России или на Урале, куда чердынцы уезжали по торговым или служилым делам.

Встречается и другая версия: от прозвища Чердынка, образованного не от города, а от диалектного слова «чердынь» — так в некоторых говорах называли глухое место, чащу или овраг. Тогда прозвище мог получить человек, живший в глуши, за лесом. Но эта гипотеза слабее: топонимическое происхождение для фамилий на -ин более типично, а сам топоним Чердынь хорошо документирован в письменных источниках с XV века.

Фамилия недворянская, без родового герба и заметных следов в истории. В списках купцов и мещан XIX века Чердынкины встречаются в Пермской и Вятской губерниях — там, куда чердынцы переселялись в поисках земли и заработка. В современной России фамилия редкая, сохранилась в основном на Урале и в Поволжье.