Фамилия Черепагин — редкий пример, где основа ясна, а суффикс заставляет задуматься. Корень здесь — «черепах(а)». Прозвище Черепаха на Руси давали не за скорость, а скорее за неторопливость, основательность или внешнее сходство (например, за сутулость или плотное телосложение). В новгородских и псковских землях такое прозвище фиксируется с XV века. Но почему не Черепахов или Черепахин?

Секрет в суффиксе -агин. Он встречается нечасто и обычно указывает на вариант образования от прозвища через форму с элементом -ага: Черепага. Это уменьшительно-пренебрежительная или, наоборот, фамильярная форма того же прозвища. Сравните: «коряга» от «коря», «бедняга» от «бедный». Черепага — это «черепашка», но не в ласкательном, а скорее в бытовом, сниженном смысле. Суффикс -ин в фамилии стандартно указывает на принадлежность: «чей?» — Черепагин, то есть сын Черепаги.

Такая модель образования (прозвище → форма с -ага → фамилия на -ин) характерна для северных и центральных русских говоров, особенно для Вологодчины и Костромской области. Там же встречаются однокоренные фамилии Черепанов (от «черепан» — гончар, делающий черепки) и Черепахин. Но Черепагин стоит особняком: он не связан с гончарным ремеслом, а происходит именно от живого прозвища.

Есть и маловероятная версия: связь с диалектным «черепага» в значении «черепок», «осколок». Но она не подтверждается источниками — в говорах такое слово не зафиксировано. Правдоподобнее держаться за прозвище. Так что предки Черепагиных — скорее всего, крестьяне или посадские люди из северных уездов, получившие фамилию по характерной черте или поведению одного из предков.