Фамилия Черепажина — довольно редкая и необычная по звучанию. Её основа, на первый взгляд, прозрачна: она напоминает слово «черепаха». Однако в русской ономастике прямое прозвище «Черепаха» давалось не за медлительность, а чаще за внешность — за большую голову, широкий лоб или сутулость. Прозвище могло закрепиться за человеком, который носил что-то вроде панциря: например, прочную кожаную одежду или горб. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Черепажина — это «дочь (или жена) Черепажи». Но здесь есть важная особенность: в фамилии стоит не «Черепахин», а именно «Черепажина». Форма с -аж- встречается реже и может указывать на диалектное произношение или на то, что прозвище звучало как «Черепажа» — с уменьшительно-ласкательным или, наоборот, пренебрежительным оттенком. В некоторых говорах суффикс -аж- (как в слове «бедняга») придавал прозвищу бытовой, простонародный характер.

Географически фамилия Черепажина почти не встречается в центральных областях России. Единичные записи фиксируются в старых метрических книгах Вятской губернии и Зауралья — регионах, где сохранялись архаичные словообразовательные модели. Возможно, предки носителей фамилии были крестьянами или мастеровыми, а прозвище передалось по женской линии, что для русских фамилий нехарактерно, но случалось в среде, где женщина долгое время оставалась главой двора.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Черепахин, Черепашников) показывает, что Черепажина стоит особняком. Если Черепахин — стандартное отчество от прозвища, то Черепажина могла возникнуть как «матроним» — фамилия по матери, что большая редкость. Вторая гипотеза: основа не связана с черепахой, а происходит от диалектного глагола «черепажить» (в некоторых говорах — «черепажить» означало «медленно, с трудом тащить»). Тогда фамилия описывала не внешность, а характер или род занятий: медлительного работника или того, кто занимался перевозкой тяжестей. Эта версия менее популярна, но лингвистически более интересна, так как объясняет необычный суффикс.

Точных данных о дворянском происхождении фамилии нет. Скорее всего, Черепажины — из крестьян или мещан, а сама фамилия сохранилась в единичных семьях, что делает её ценным свидетельством живой народной речи.