Фамилия Черепеина — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, лежит не «череп» в прямом анатомическом смысле, а прозвище или профессия. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Черепеин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Черепей (или Черепейка). В русских говорах слово «черепей» (или «черепея») имело несколько значений. Первое — глиняный черепок, осколок посуды, отсюда и прозвище для гончара или человека, занимавшегося битьём глиняной посуды. Второе — это могло быть название черепахи (в некоторых диалектах «черепей» или «черепаха»), и прозвище могли дать медлительному или «бронированному» человеку. Третье, менее вероятное, — «черепей» как вид корзины или плетёного изделия, что опять же указывает на ремесленника.

Есть и более прямая версия: от слова «череп» в значении «голова», но тогда фамилия скорее звучала бы как Черепов или Черепнин. Форма Черепеина заставляет думать об уменьшительном или уничижительном суффиксе -ей (как в прозвищах Копей, Воробей). То есть Черепей — это «маленький череп» или «черепок», что вполне могло быть прозвищем невысокого или лысого человека. В любом случае, фамилия образована от прозвища, которое было дано по внешнему признаку, роду занятий или особенности характера.

В исторических документах фамилия встречается крайне редко. Можно предположить, что её носители происходят из северных или центральных областей России, где диалектные слова «черепей» и «черепея» были в ходу. Например, в псковских и новгородских говорах «черепея» означала именно черепаху. Если верить этой версии, предок мог получить прозвище за медлительность или за то, что носил что-то вроде панциря (например, тяжёлую верхнюю одежду). Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или ремесленная — гончары, корзинщики или просто люди с характерной внешностью.

Однокоренных фамилий немного: Черепнин, Черепахин, Черепков. Черепеина стоит особняком из-за редкого суффикса -еин, который не спутаешь с более массовыми -ов или -ин. Если вы носите эту фамилию, то, скорее всего, ваш предок был мастеровым человеком или получил меткое прозвище, которое закрепилось в роду.