Фамилия Чернахаева — звонкая и редкая, и её разбор сразу уводит в сторону от привычных «Черновых» и «Черняевых». Корень здесь не «чёрный» в прямом значении цвета, а скорее древнерусское прозвище «Чернаха» или «Чернуха». Так в старину могли назвать смуглого, темноволосого человека либо того, кто постоянно ходил в чёрной одежде — например, монаха или странника. Но есть и другая, более бытовая версия: «чернухой» в некоторых говорах называли чёрную, небелёную избу или даже чёрную баню — так что прозвище могло закрепиться за хозяином такого строения.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели: основа «Чернаха» + суффикс принадлежности -ев. Суффикс -аха в прозвищах встречается нечасто и придаёт слову оттенок просторечия или даже некоторой грубоватости (сравните: Грязнуха, Толстуха). Это указывает на то, что прозвище возникло в крестьянской или посадской среде, где ценили меткое, хлёсткое слово, а не книжное благозвучие.

Интересна и география. Фамилия Чернахаев (и её женская форма Чернахаева) встречается в основном на юге России и в Поволжье, особенно в Волгоградской, Ростовской областях и в Краснодарском крае. Там же распространены однокоренные «Чернухин» и «Чернаков», но Чернахаев стоит особняком — его ареал уже, а сама фамилия заметно реже.

В написании возможна путаница: из-за аканья (произношения «а» вместо «о» в безударной позиции) фамилию иногда записывали как «Чернохаева», но исторически верная форма — через «а» после «р», что подтверждается и словообразованием: «Чернаха», а не «Черноха». В документах XIX века можно встретить и вариант с двойным «х» — «Чернаххаев», но это скорее ошибка писаря, чем осмысленное изменение.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или однодворческим. Фамилия не встречается среди столбового дворянства, её нет в родословных книгах губерний — это имя простых людей, которое закрепилось за родом без притязаний на знатность.