Фамилия Чернецков образована по модели, характерной для русского Севера и Сибири: суффикс -ков, а не более привычное -ов. Это не опечатка и не вариант написания — в старых говорах суффикс -ков часто присоединяли к основам на -о или -е, и фамилия Чернецков как раз из этого ряда. Родственные ей — Чернецов, Чернецкий, Чернышов, но Чернецков стоит особняком: он указывает на географическое происхождение носителя из тех мест, где фамилии на -ков были нормой (Вятка, Пермь, Архангельская губерния).

В основе фамилии лежит прозвище Чернец. В древнерусском языке «чернец» означало монаха — человека, принявшего постриг и носившего чёрную одежду. Однако в народной среде прозвище Чернец давали не только монахам. Так могли назвать человека с тёмными, чёрными волосами, смуглого лицом или того, кто постоянно ходил в чёрной одежде, даже не будучи церковнослужителем. В некоторых говорах «чернецом» называли также черта или лешего — из суеверного страха, но эта версия менее вероятна для фамилии, так как прозвища от нечистой силы давали редко и обычно с иронией.

Фамилия Чернецков — отчество второго порядка: сначала от прозвища Чернец образовалось отчество Чернецков (буквально «сын Чернеца»), а затем оно закрепилось как наследственная фамилия. Встречается она преимущественно в северных и сибирских регионах России, что подтверждает и её суффикс, и история заселения: монастырские крестьяне, выходцы с Русского Севера, осваивали Урал и Сибирь, и фамилия могла распространиться вместе с ними.

В документах XVII–XVIII веков Чернецковы встречаются среди посадских людей и крестьян. Сословного барьера фамилия не имела: её носили и крестьяне, и мещане, и духовенство (поскольку прозвище связано с монашеством). Однако в дворянской среде она почти не фиксируется — это фамилия простого люда, которая сохранила архаичную форму словообразования.