Фамилия Черничин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Черничин буквально означает «сын Черничи» или «человек из рода Черничи». Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Чернича. В русских говорах «чернича» — это либо монахиня (от «черница»), либо, что вероятнее для мужского прозвища, человек с чёрными волосами, смуглой кожей или тот, кто носил чёрную одежду. В старину «чернецом» называли монаха, но прозвище Чернича могли дать и мирянину за внешность или характер.

Менее вероятна, но возможна связь с названием ремесла или места. В некоторых диалектах «черничить» значило заниматься окраской тканей в чёрный цвет, то есть быть чернильщиком. Однако такая профессиональная фамилия скорее дала бы форму Чернильников или Чернильщиков. Географическая версия — от топонима Черничино или Черничи — тоже не исключена, но такие названия, скорее всего, сами произошли от того же прозвища.

Фамилия редкая, её нет в массовых списках дворянских или купеческих родов. Это говорит о крестьянском или мещанском происхождении: фамилию дали по прозвищу главы семьи в XVIII—XIX веках, когда крепостным и государственным крестьянам массово присваивали фамилии. Встречается Черничин преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Тамбовской областях — там, где активно шёл процесс закрепления фамилий за сельским населением.

Однокоренные фамилии — Черников, Черницын, Чернецов — родственны по смыслу, но образованы от разных основ. Черничин стоит особняком именно из-за суффикса -ич в основе (Чернич-а), что указывает на конкретное лицо, а не на общее качество. Если ваш предок носил эту фамилию, он, скорее всего, происходил из семьи, где первого носителя прозвали за тёмный цвет волос или за связь с монастырём.