Фамилия Черникина образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы, оканчивающейся на гласный или мягкий согласный, с помощью суффикса -ин. В данном случае основа — «Черник-», а суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Черникина, то есть дочь или жена человека по прозвищу Черник. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Черни́кина, хотя в бытовой речи возможны варианты.

Ключевой вопрос — что стоит за прозвищем Черник. Здесь есть две основные версии, и первая из них значительно правдоподобнее. Самое прямое объяснение — связь с ягодой черникой. В русских говорах «черникой» называли не только растение, но и человека, который промышлял сбором или продажей этой ягоды, или же того, кто любил чернику до такой степени, что получил соответствующее прозвище. Такие «ягодные» фамилии — Черни́ков, Черни́цын, Клюквин — не редкость в северных и центральных регионах России, где черника растёт в изобилии. Предок мог быть крестьянином из лесной полосы, который подрабатывал сбором ягод на продажу.

Вторая версия, более редкая, связывает прозвище с диалектным словом «черник» — так в некоторых областях называли монаха-чернеца (от «чёрный»). Однако эта гипотеза слабее: для обозначения монаха в прозвищах чаще использовали «чернец» или «черноризец», а «черник» в этом значении почти не встречается в ономастических источниках. Кроме того, фамилия Черников (с суффиксом -ов) встречается значительно чаще, чем Черникин, что косвенно подтверждает: основа «Черник» была живым прозвищем, а не застывшим термином.

Географически фамилия Черникина тяготеет к средней полосе России и Поволжью. Встречается она нечасто, что делает её хорошим маркером локальной семейной истории. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они были крестьянами или мещанами, жившими в лесных районах, где черника была промысловой ягодой.