Фамилия Черниковский — типичный пример того, как географическое название становится родовым. Её основа — топоним Черниково или Черниковка. Таких сёл и деревень в России и на Украине немало, а название они получили, скорее всего, по фамилии или прозвищу первопоселенца Черник. Суффикс -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение: в Польше, Литве и на западе Российской империи именно так образовывали фамилии владельцев поместий. Поэтому Черниковский — это «тот, кто из Черникова» или «владелец Черникова».

В основе топонима лежит слово «черник» — так в южных и западных говорах называли чернику, а иногда и человека, который её собирает или торгует ею. Впрочем, «черником» могли прозвать и того, кто носил тёмную одежду, или человека со смуглой кожей и чёрными волосами. Прозвище Черник было распространено в XVI–XVII веках, и от него пошли фамилии Черников, Черниченко, Черниковский.

Интересная деталь: форма на -ский отличает носителей этой фамилии от более массовых Черниковых. Если Черниковы — это чаще всего потомки крестьян или посадских, то Черниковские, как правило, происходили из мелкопоместных дворян или однодворцев — людей, которые владели землёй, но не имели крепостных. В XIX веке фамилия встречалась в Курской, Орловской, Тульской и Киевской губерниях, а также среди польской шляхты, перешедшей в православие.

Словообразовательная модель проста: корень черн- (от «чёрный»), уменьшительный суффикс -ик (Черник), затем притяжательный суффикс -ов- и типичный для знатных родов -ский. Буква «и» в суффиксе — не ошибка, а закономерный результат: от «Черник» образуется «Черниковский», а не «Чернаковский». Встречается и вариант Чернаковский, но он редок и связан с другим диалектным произношением.

Известных носителей фамилии, оставивших яркий след в истории, немного. Среди них можно назвать разве что советского военачальника Николая Черниковского, но это скорее исключение. В основном фамилия осталась локальной, не перешагнув границы тех уездов, где когда-то стояли деревни Черниково.