Фамилия Черниникова — женская форма фамилии Черниников, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. Основа здесь — прозвище или мирское имя Черник, а точнее, Черниник, которое образовали с помощью суффикса -ик, указывающего на лицо по характерному признаку или роду занятий. В русских говорах «черником» или «черничником» называли не только того, кто собирает чернику, но и знахаря, который лечил этой ягодой, а также человека с очень тёмными, почти чёрными волосами. Вторая версия, менее распространённая, связывает прозвище с диалектным словом «чернить» — то есть клеветать или порочить, но для фамилии такой оттенок маловероятен: прозвища обычно давали по более нейтральным или профессиональным признакам.

Суффикс -ов в фамилии Черниников (а значит, и Черниникова) — типичный патронимический, то есть «чей?» — «сын Черниника». Это одна из самых распространённых моделей в центральной России и Поволжье, что указывает на возможное географическое происхождение рода. В отличие, скажем, от фамилий на -ский, которые часто встречались у дворян и духовенства, Черниниковы — почти наверняка крестьянский или мещанский род: прозвище по ремеслу или внешности было обычным делом для простых людей.

Интересная деталь: фамилия могла возникнуть не в одном, а в нескольких местах независимо, потому что прозвище Черник встречается в старых писцовых книгах по разным уездам. Например, в документах XV–XVI веков упоминаются крестьяне с таким именем в Новгородской и Тверской землях. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Черников, Черниченко, Черницкий, — то Черниникова стоит особняком из-за редкого суффикса -ик в основе. Черников — более массовый вариант, где корень «черн-» сразу перешёл в -ов, а Черниникова сохранила промежуточное звено: сначала человека прозвали Черниник, а уже потом его потомки стали Черниниковыми.

С точки зрения словообразования, это классический пример того, как фамилия «застыла» в своей форме: ударение в современном варианте падает на второй слог (Черни́никова), хотя исходное прозвище Черни́ник могло иметь ударение на первом. Такие смещения — обычное дело в русской антропонимии, и они не меняют сути: предок нынешних Черниниковых почти наверняка был либо черноволосым мужчиной, либо жил у черничного бора, либо промышлял сбором и продажей ягод.