Фамилия Чернишова — это женская форма фамилии Чернишов, и её происхождение напрямую связано с русским прилагательным «черный». Однако, в отличие от более распространённой фамилии Чернышов, здесь мы видим нестандартный суффикс -иш- (-ишов), а не более типичное -ыш- (-ышов). Эта деталь — ключ к разгадке: фамилия образована не от слова «черныш» (птенец или человек с чёрными волосами), а от прозвища Черниш. В русских говорах «черниш» могло означать не просто смуглого или черноволосого человека, а того, кто работал с чёрным цветом: например, красильщика, сапожника, имевшего дело с чёрной кожей, или даже кузнеца, чья работа оставляла следы сажи и копоти.

Суффикс -иш- в данном случае характерен для южнорусских и украинских говоров, где он мог заменять более привычный -ыш-. Если бы фамилия была образована в северных или центральных областях России, мы бы, скорее всего, видели вариант Чернышов. Географически носители фамилии Чернишов (и Чернишова) чаще встречаются в южных регионах России, на Украине, а также в Белгородской, Курской и Воронежской областях, что косвенно подтверждает диалектную природу корня.

Само прозвище Черниш могло иметь и переносное значение — так могли назвать человека хмурого, угрюмого, «черного» нравом, либо того, кто жил в лесу, в «черни» (в густом, тёмном лесу). В любом случае, фамилия относится к древнему пласту русских прозвищных фамилий, возникших до XVII века. Встречаются и варианты написания через букву «ё» — Чернишёва, но это уже вопрос орфографической нормы: в документах XIX — начала XX века часто писали «Чернишова» даже при произношении с ударной «ё».

Социальный состав носителей этой фамилии был пёстрым: среди Чернишовых были и крестьяне, и мещане, и купцы. В отличие от дворянской фамилии Чернышёв (с ударением на последний слог), Чернишовы не имели аристократического происхождения и оставались фамилией простых людей, чьи предки получили прозвище по внешнему признаку или роду занятий.