Фамилия Чернишев — один из тех случаев, когда написание немного запутывает, а этимология оказывается проще, чем кажется. На первый взгляд, корень «черн-» очевидно отсылает к чёрному цвету, но суффикс «-ишев» сбивает с толку. На самом деле перед нами классическая отчество от прозвища или имени, образованного по модели «прилагательное + суффикс -иш-».

Разберём словообразовательную цепочку. Основа — «черныш» (или «черниш» в диалектном произношении). Суффикс «-иш» в русских прозвищах и именах имел значение носителя признака: «черныш» — тот, кто черен, темноволос, смугл или просто носит чёрную одежду. К этой основе добавили притяжательный суффикс «-ев», указавший на принадлежность: «Чернышев» (или «Чернишев») — сын Черныша. Вариант с буквой «и» в корне (Чернишев вместо Чернышев) — результат аканья или просто орфографической нестабильности при записи фамилии в документах XVIII–XIX веков. По сути, это та же фамилия, что и более распространённая Чернышев, но закрепившаяся в другом написании.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» такие пары объясняются диалектной фонетикой: в северных и центральных говорах «ы» после шипящих могло переходить в «и», а канцеляристы часто писали на слух. Поэтому Чернишев — не отдельная редкая фамилия, а региональный или случайный вариант фамилии Чернышев. Прозвище Черныш было очень распространено в Древней Руси — его давали не обязательно за цвет волос, но и за тёмную кожу, за одежду из некрашеного сукна или за характер (мрачный, «чёрный» человек). В боярских и дворянских родах фамилия Чернышев известна с XV века, но крестьянский и мещанский Чернишев, скорее всего, возник позже, в среде, где прозвище давали по внешности.

Интересная деталь: суффикс «-иш» в прозвищах часто имел пренебрежительный или уменьшительный оттенок (ср. «глупыш», «крепыш»). То есть Черныш — это не просто «чёрный», а «чёрненький», «чернявый». Фамилия не указывает на род занятий или место жительства — только на внешний признак конкретного человека, от которого пошёл род. Встречается Чернишев преимущественно в центральных областях России и в Поволжье, где аканье было нормой, в отличие от северных территорий, где писали строго «Чернышев». Если искать своих предков, стоит иметь в виду оба варианта написания — в метрических книгах одна и та же семья могла записываться по-разному.