Фамилия Черннышев — редкий орфографический вариант фамилии Чернышёв, и именно эта двойная «н» в корне — главная загадка для того, кто ищет свои корни. Скорее всего, перед нами не ошибка переписчика, а сознательное или случайное удвоение согласной, которое могло закрепиться в документах XIX века, когда фамилии фиксировали на слух. В основе лежит прозвище Черныш — так на Руси называли человека с очень тёмными волосами, смуглой кожей или просто того, кто носил чёрную одежду. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Черныша».

Главная трудность — понять, откуда взялось удвоение. В русской ономастике фамилии с двойной «н» в корне встречаются крайне редко, если это не опечатка. Есть версия, что перед нами не прозвище, а фамилия, образованная от топонима — например, от названия села Черннышево (гипотетического). Однако таких географических названий в доступных источниках нет. Более правдоподобно, что двойная «н» возникла под влиянием диалектного произношения: в некоторых говорах (особенно северных) согласные могли удваиваться для усиления, и писарь записал фамилию так, как услышал.

Если отбросить редкое написание, фамилия Черннышев входит в обширное гнездо «чёрных» фамилий: Чернышёв, Чернышев (с одним «н»), Черняков, Чернов. Все они ведут происхождение от одного корня и не связаны с каким-то определённым сословием — прозвище Черныш давали и крестьянам, и посадским людям, и даже боярам. В документах XVI–XVII веков (например, в актах, собранных С. Б. Веселовским) упоминаются Черныши как владельцы земель и как холопы, так что социальный статус предка мог быть любым.

Таким образом, для носителя фамилии Черннышев главный ориентир — это вариант с одним «н». Ваш предок почти наверняка был Чернышом — тёмным, черноволосым человеком, а двойная буква в фамилии — либо местная особенность произношения, либо ошибка писаря, которая со временем стала фамильной нормой. Если хотите проверить, посмотрите старые метрические книги вашего региона: в них фамилия могла писаться то с одним «н», то с двумя, и это прояснит, как закрепился именно ваш вариант.