Фамилия Черннышов — редкий случай орфографической аномалии. Привычная и массовая фамилия — Чернышов, от прозвища Черныш («черный, смуглый, темноволосый»), с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: «сын Черныша». В варианте с двумя «н» (Черннышов) мы видим, скорее всего, не намеренное искажение, а случайную описку или местную особенность письма. Двойное «н» не меняет этимологии: основа та же — черн-, корень со значением черноты. Такое написание могло закрепиться в документах XIX века, когда грамотность была не всеобщей, и писарь, записывая фамилию на слух, мог ошибиться или по привычке удвоить согласную, как в словах «длинный» или «ценный». Другой вариант: перед нами не Чернышов, а редкая фамилия от прозвища Чернныш — то есть «черный-пречерный», с усилительным повторением. Но это гипотеза без подтверждений в ономастических словарях (Унбегаун, Никонов, Веселовский не фиксируют форму с двумя «н»). Географически Черннышов встречается единично, в основном в центральных областях России, и не образует гнезда однокоренных фамилий, как Чернышовы (есть Чернышёв, Чернышевский, Черняев). Социально носители — скорее всего, потомки крестьян или мещан, получивших фамилию по внешнему признаку предка.