Фамилия Черннышева — это, скорее всего, нестандартное написание распространённой фамилии Чернышёва (или Чернышева). Удвоенная «н» в корне — редкая опечатка или сознательное искажение, возникшее, вероятно, при записи в документах. Если верить этому варианту, то перед нами типичная «семейная» фамилия, образованная от мужской Черннышев через суффикс -а, указывающий на принадлежность жене или вдове.

Разберём основу. Корень «черн-» отсылает к прилагательному «чёрный». В русских прозвищах это слово имело множество значений: от цвета волос или кожи («чернявый», «смуглый») до характеристики человека (мрачный, нелюдимый, «чёрный» в смысле зависимый, тяглый крестьянин). Прозвище Черныш было очень популярно — его давали и за внешность, и за характер, и за род занятий. Суффикс -ыш (-ышев) в основе указывает на лицо по характерному признаку: Черныш — тот, кто черен. Таким образом, исходное прозвище Черныш (или Чернныш, если настаивать на написании) породило патронимическую фамилию Черннышев («сын Черныша»), а от неё, в свою очередь, — женскую форму Черннышева.

Географически фамилия Чернышёв (и её варианты) широко распространена по всей России, особенно в центральных и южных областях. Удвоенная «н» могла закрепиться в отдельных семьях из-за ошибки писаря или желания выделиться, но с точки зрения ономастики это аномалия. Если вы носите именно такой вариант, ваши предки с высокой вероятностью были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по прозвищу родоначальника. В сословном плане Чернышёвы встречались и среди дворян (например, графский род), но написание «Черннышева» к аристократическим ветвям обычно не относится — там закрепилось классическое «Чернышёв».

Итог прост: перед вами женская форма фамилии, образованной от прозвища Черныш. Двойная «н» в корне — либо ошибка, либо редкий местный диалектный или канцелярский вариант, не меняющий сути значения.