Фамилия Чернников — одна из тех, где суффикс ясно указывает на модель образования, но основа оставляет пространство для догадок. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще всего происходят от отчества или прозвища отца, Чернников образован с помощью суффикса -ник и последующего -ов. Это значит, что в основе лежало не просто прозвище Черный, а слово «чернник» — так в старину называли человека, имеющего отношение к чему-то черному: либо по цвету волос (чернявый), либо по роду занятий. Однако самая прямая версия — ремесленная.

Слово «чернник» в русских говорах означало мастера по чернению металла, чаще всего — серебра. Чернение — старинная техника ювелирного дела, когда на изделие наносили специальный сплав, дающий глубокий черный узор. Мастер-чернник был востребован в городах, где работали серебряники, особенно в центральной России. Таким образом, родоначальник Чернниковых мог быть не просто смуглым или черноволосым человеком, а ремесленником, чье прозвище перешло в фамилию. Эта версия правдоподобнее, потому что суффикс -ник в русских фамилиях чаще привязан к профессии (Кузнецов от кузнец, Плотников от плотник), чем к внешнему признаку.

Встречается и другая трактовка: «чернник» могло быть диалектным названием черники или места, где она растет, но такая основа для фамилии маловероятна — прозвища от растений обычно образовывались иначе (Черников, Черницын). Географически фамилия Чернников распространена неравномерно: ее больше в центральных и северных областях России, где традиционно было развито ремесло, а также в Поволжье. В документах XVII–XVIII веков встречаются записи о крестьянах и посадских людях с этим именованием, что говорит о недворянском происхождении большинства носителей — Чернниковы не относились к аристократическим родам, а вышли из ремесленной или крестьянской среды.