Фамилия Черногубовский образована от прозвища Черногубый. По одной из версий, оно ведет свое начало от названия деревни Черногубово в Калининском районе Тверской области. Вероятно, основатель фамилии родился или жил в этой деревне. Возможно также, что Черногубым прозвали человека с обожженными губами или неопрятного, нечистоплотного ребенка. В данном случае, надеясь иметь здорового и красивого мальчика, родители назвали его Черногубым. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Черногубый, со временем получил фамилию Черногубовский.