Фамилия Черногуб — редкий случай, когда прозвище почти без изменений перешло в фамилию, не обрастая типичными суффиксами вроде -ов или -ин. Её основа — устойчивое словосочетание «чёрный губ», то есть «чёрная губа». Скорее всего, так прозвали человека с заметной родинкой, шрамом или тёмным пятном на губе. Второй вариант — намек на привычку пачкать губы сажей или углём, что могло относиться к кузнецу, печнику или угольщику.

Фамилия образована по модели, характерной для северных и северо-восточных русских говоров, где прозвища в чистом виде (без суффиксов) нередко закреплялись как фамилии. В списках переписей XVII–XVIII веков встречаются похожие примеры: Чернорот, Чернорыжко, Чернобров — все они описывают внешнюю примету. Черногуб стоит в том же ряду.

Менее вероятно, но не исключено, что прозвище могло быть связано с чернозубом — человеком с почерневшими зубами, но в фамилии закрепилась именно «губа», а не «зуб». Вариант с ироничным прозвищем «черногубый» в значении «мрачный, неразговорчивый» тоже возможен, но уступает по правдоподобию внешней примете: в русской ономастике прозвища по цвету или форме частей тела встречаются куда чаще, чем по характеру.

Встречаемость фамилии невысокая. Основные очаги — центральные области России, особенно Тульская и Рязанская губернии, где фиксировались носители Черногубов и Черногубых. В украинском варианте возможна форма Чорногуб, но в русском языке написание устойчивое. Сословной привязки нет: прозвище могли дать и крестьянину, и посадскому человеку.

Фамилия Черногуб — один из тех случаев, когда значение лежит на поверхности, а история прячется в деталях: в грязных от сажи руках кузнеца, в тёмной родинке или в забытом говоре, где «губа» могла означать не только часть лица, но и край, выступ.