Фамилия Черногубов восходит к прозвищу Черногубый, которое состоит из двух слов: «черный» и «губы». Возможно, так прозвали человека с обожженными губами. Согласно другой версии, это прозвище получил неопрятный, нечистоплотный человек. Прозвище документировано в XVI веке. Веселовского упоминается Черногубов Злоба Прокофьевич, 1534 г., Соль Галицкая. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Черногубый, со временем получил фамилию Черногубов.