Фамилия Черномызов — яркий образец русской «говорящей» фамилии, которая образована не от имени, а от прозвища. Если разобрать её на части, то корень «черно-» и основа «-мыз» сразу же отсылают к внешнему виду или роду занятий человека.

Самая прямая и правдоподобная версия: прозвище «Черномыз» давали человеку с тёмным, смуглым лицом, буквально «чёрная мыза» (где «мыза» — устаревшее диалектное слово, означавшее лицо, морду, рыло). В северных и центральных говорах XIX века слово «мыза» бытовало именно в этом, не самом благозвучном, но конкретном значении. Таким образом, Черномызов — потомок того, кого в деревне прозвали за смуглую кожу или чумазое лицо.

Менее вероятная, но интересная версия связывает фамилию с эстонским или финским словом «мыза» (mõis, moisio) в значении «хутор», «усадьба». В этом случае «Чёрная мыза» — это название места, откуда человек был родом. Однако в русской ономастике фамилии на «-ов», образованные от названий хуторов, встречаются реже, чем от личных прозвищ. К тому же суффикс «-ов» указывает на принадлежность («чей?» — Черномызов), что типично для прозвищного происхождения.

Фамилия довольно редкая. Встречается в Поволжье и центральных областях России, что косвенно подтверждает её русское, а не прибалтийское происхождение. Её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — фамилии, образованные от прозвищ по внешности, редко встречались у дворянства. В отличие от фамилий на «-ский», которые часто давались духовенству или шляхте, Черномызовы — потомки простых людей, которым дали меткое уличное прозвище.