Фамилия Черноскулов образована от прозвища, в основе которого лежит прилагательное «черный». В славянской антропонимии цветовые определения нередко указывали на внешность (цвет волос, кожи), реже — на характер или род занятий. В данном случае прозвище могло звучать как Черноскул — сложное слово, где вторая часть «скул» почти наверняка восходит к «скула», то есть скула. Человек с темными, выделяющимися скулами получал такое прозвище по характерной черте лица. Модель образования типична для русских фамилий на -ов: прозвище на твердый согласный (Черноскул) превращалось в фамилию Черноскулов, означающую «сын Черноскула» или «из рода Черноскуловых».

Суффикс -ов указывает на патронимическое происхождение, что характерно для основной массы русских фамилий, оформившихся в XV–XVII веках. Фамилия редкая, в массовых справочниках (например, у Б. Унбегауна) она не фигурирует, но по словообразовательной модели близка к таким фамилиям, как Чернобровкин, Черноусов, Черноглазов, где вторая часть — часть тела. В отличие от них, «скула» встречается в прозвищах значительно реже, что делает фамилию Черноскулов нестандартной: она могла возникнуть в локальной среде, где внешность человека дала повод для точного и запоминающегося прозвища.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям — там, где в говорах слово «скула» употреблялось без изменений. В северных говорах чаще встречались варианты «скула» с другим ударением, но это не меняет смысла. Социальный состав носителей, скорее всего, крестьянский или посадский: прозвища по внешним признакам давали в среде, где фамилии закреплялись позже, чем у дворянства. Дворянских родов Черноскуловых в известных родословных книгах не зафиксировано.

Встречается вариант написания Черноскул — без суффикса, но это либо фамилия-прозвище в неизменной форме (по типу украинских фамилий), либо результат упрощения в документах. Основная форма Черноскулов сохраняет классическую русскую модель. Спорных версий у фамилии немного: некоторые любители народной этимологии пытаются связать «скул» со словом «скулить» или «скука», но это лингвистически несостоятельно — прозвище образовано от существительного «скула», а не от глагольных корней.