Фамилия Черноусан — редкий пример, когда прозвище сохранилось почти в неизменном виде, без типовых фамильных суффиксов. Основа здесь — «черноус», то есть человек с чёрными усами. Суффикс -ан в русских фамилиях встречается нечасто: он мог указывать на принадлежность к роду (сравните с украинскими фамилиями вроде Грицан, Петран) или просто усиливать прозвище, делая его более разговорным. В данном случае Черноусан — это не «сын Черноуса», а сам Черноусан, то есть прозвище, закрепившееся в роли фамилии. Такая модель образования характерна для южнорусских и украинских земель, где фамилии нередко обходились без патронимических окончаний.

Прозвище Черноус — одно из древних славянских именований по внешнему признаку. В документах XV–XVII веков встречаются упоминания «Черноус» как личного прозвища: например, в писцовых книгах записан крестьянин Черноус. Чёрные усы в те времена считались приметой, бросающейся в глаза, и такое прозвище давали без негативного оттенка — просто как запоминающуюся черту. Важно, что форма Черноусан не является искажением: в некоторых говорах суффикс -ан использовали для образования прозвищ от прилагательных, ср. «белян» (белый), «рыжан» (рыжий).

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. В переписях XIX века Черноусаны встречаются в Полтавской, Харьковской и Воронежской губерниях. Это говорит о том, что носители фамилии были в основном крестьянами или казаками — именно в этих сословиях прозвища переходили в фамилии без изменений дольше, чем у дворян. Суффикс -ан при этом мог выполнять функцию «упрощения»: вместо длинного «Черноусов» или «Черноусенко» в быту закрепилась короткая форма.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, Черноусан не прошёл стандартную русификацию. Это делает её ценной для историков: она сохранила живую народную речь XVIII века. Если ваш предок носил эту фамилию, он, скорее всего, был выходцем из южнорусских или украинских земель, а его прозвище дали по яркой внешней примете — чёрным усам. Никаких других версий (от «черноусого» животного или топонима) наука не предлагает: корень прозрачен и не даёт повода для спекуляций.