Фамилия Черноводская — редкий пример фамилии, образованной не от названия профессии или личного имени, а от географического объекта с цветовой характеристикой. Её основа — «чёрная вода». В отличие от более распространённых Черновых или Водских, здесь соединились два корня в сложное прилагательное, которое затем стало топонимом, а от него — фамилией.

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ск- указывает на принадлежность к месту. Черноводская — та, что родом из Черноводска, Черноводья или Черноводки. Такие названия давали поселениям у рек с тёмной водой (из-за торфяного дна, глины или густой тени). В России и на Украине встречаются сёла Черноводка (например, в Оренбургской области и в Казахстане), а также урочища с похожим именем. Фамилия могла закрепиться за переселенцами из этих мест или за помещицей, владевшей землёй при «чёрной воде».

Окончание -ая — типично для русских фамилий женского рода в форме прилагательного. Мужской вариант — Черноводский. В старину такую фамилию чаще носили дворяне или духовенство: именно эти сословия первыми получали фамилии по названиям имений и сёл. Однако не исключено, что Черноводской называли и простую крестьянку, приписанную к деревне с таким именем.

Интересная деталь: фамилия почти не встречается в центральных губерниях России. Основные следы ведут на юг — в бывшую Екатеринославскую губернию (сейчас Днепропетровская область Украины) и в Кубанскую область. Там реки с чёрной водой — не редкость, а переселенцы из малороссийских земель часто приносили с собой топонимические фамилии. Возможно, Черноводские — потомки казаков или однодворцев, обживавших окраины империи.

Споров о происхождении здесь почти нет: корень очевиден, а суффикс не оставляет сомнений в «географическом» способе образования. Единственная альтернативная версия — прозвище «Черновод» для человека, который водил чёрный скот или торговал углём, — маловероятна: фамилии на -ский так почти не создавали. Так что Черноводская — фамилия-путеводитель, которая прямо говорит: предки жили у тёмной воды.