Фамилия Черноводский — яркий пример фамилии, образованной от названия реки или озера, то есть гидронима. В основе лежит словосочетание «чёрная вода». Такие названия встречаются по всей славянской территории: Чёрная Вода, Черноводка, Черноводье. Фамилия указывает, что её первый носитель (скорее всего, дворянин или однодворец) владел землёй или жил у одноимённого водоёма.

Суффикс -ский (в женском роде -ская) в русских фамилиях традиционно принадлежал шляхте и служилому дворянству, но к XIX веку распространился и среди духовенства, мещан и государственных крестьян. Поэтому Черноводский — это не обязательно потомок знатного рода (хотя такая возможность не исключена). Фамилия могла возникнуть при получении прихода священником, которого «назначили» к церкви в селе Черноводка, или при записи бывшего крепостного, получившего вольную и взявшего фамилию по месту прежней жизни.

Географически фамилия редкая. Если искать её корни, стоит обратить внимание на юг России и Украину: в бассейне Днепра, Дона и Кубани множество речек с названием Черноводка. Встречается также вариант Черноводской, что характерно для донских казаков (фамилии на -ской без окончания -ий). Спорных версий здесь почти нет: корень прозрачен, а суффикс однозначно указывает на топонимическое происхождение.

Отдельного упоминания заслуживает возможная связь с черкесским или тюркским гидронимом Карасу (буквально «чёрная вода»). В XIX веке при заселении Северного Кавказа русские переселенцы нередко переводили местные названия на свой лад, и фамилия Черноводский могла появиться у казака, жившего на реке Карасу. Однако это лишь гипотеза — без конкретной родословной подтвердить её трудно.