Фамилия Чернусская — женская форма от мужской фамилии Чернусский, которая образована от топонима с помощью типичного для польской и западнорусской ономастики суффикса -ский/-цкий. Этот суффикс указывал на дворянское или шляхетское происхождение, а также на связь с конкретным географическим объектом: деревней, имением или урочищем.

Основа фамилии — «Чернус» или «Чернуса». Это может быть название населённого пункта, например, деревня Чернусы (такие встречаются в Беларуси и на западе России, в частности в бывшей Витебской губернии). В свою очередь, название деревни восходит к прозвищу или имени Чернус — уменьшительной форме от «чёрный» (черноволосый, смуглый человек). В белорусской и украинской традиции суффикс -ус нередко придаёт прозвищу фамильярный или ласкательный оттенок (ср. Чернуха, Белус, Серус).

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с рекой Чернуской (гидроним) — мелкие речки с таким названием есть в бассейне Днепра и Волги. Тогда Чернусский — тот, кто живёт на реке Чернуске. Но в этом случае ожидалась бы форма Чернусский, а не Чернусский: разница в одну букву, но для ономастики она значима.

Фамилия редкая. В современных базах данных она фиксируется в основном в центральных областях России и в Беларуси, что косвенно подтверждает её западнорусские корни. Носители фамилии Чернусская, скорее всего, потомки мелкопоместной шляхты или однодворцев, которые в XVII–XVIII веках носили фамилию по названию своего поместья или выселка.

Обратите внимание: в дореволюционных документах фамилия могла писаться через «о» — Черноусская (от «черноусый»). Это омонимичный, но самостоятельный вариант. Если ваши предки писались именно через «у», это указывает на топонимическое происхождение, а не на прозвище по внешности.