Фамилия Чернусских — яркий представитель северорусской модели фамилий на -ских/-цких, которая характерна для Вятки, Пермского края, Архангельской и Вологодской областей. В отличие от центральной России, где преобладали фамилии на -ов/-ев и -ин, на Русском Севере фамилии часто закрепляли за целым родом или переселенческой группой, отвечая на вопрос «чьи?». Поэтому Чернусских — это «из рода Чернусских», «принадлежащие Чернусу».

В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Чернус. Скорее всего, оно связано с цветом: «черный» — темноволосый, смуглый человек, либо тот, кто часто ходит в черной одежде. В славянской антропонимии имена по цвету волос (Беляй, Черныш, Рыжко) были распространены и не считались обидными. Суффикс -ус в прозвище Чернус — редкая, но встречающаяся в северных говорах уменьшительная или пренебрежительная форма (сравните: «чернус» — «чернушка», «черный гриб»). В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные образования связывают с диалектной лексикой, где -ус могло придавать слову бытовой, «домашний» оттенок.

Географически фамилия Чернусских тяготеет к Вятскому краю (современная Кировская область) и Пермскому Прикамью. В метрических книгах XIX века носители фамилии встречаются среди государственных крестьян и бывших монастырских крестьян — то есть предки не были дворянами, а принадлежали к податным сословиям. Сама фамилия закрепилась, вероятно, в XVII–XVIII веках, когда у крестьян, не имевших наследственных прозвищ, стали появляться родовые именования.

Если отбросить созвучие с украинским «чорнус» (чернушка, растение), то версия с прозвищем по внешности остается самой правдоподобной. Альтернативная гипотеза — связь с топонимом (деревня Чернусы или Чернусская), но таких названий в центральной России не зафиксировано, а для северных фамилий на -ских первично именно прозвище, а не географическая привязка. Таким образом, Чернусских — это не про «чернуху» и не про мистику, а про конкретного человека, которого в своей среде прозвали Чернусом за темные волосы или смуглую кожу.