Фамилия Чернусский — редкий случай, когда географическая основа очевидна, а механизм её появления на карте фамилий нестандартен. В отличие от массы фамилий на -ский, образованных от названий городов и сёл (например, Тверской, Ростовский), Чернусский почти наверняка восходит не к топониму, а к гидрониму — названию реки или ручья.

Корень здесь черн-, указывающий на тёмный цвет воды или илистое дно. Но суффикс -усский — редкость. В русской ономастике такая модель встречается у фамилий, образованных от названий рек с формантом -ус: например, Ингусский (от реки Ингул) или Волгусский (от Волги, в диалектном произношении). Скорее всего, предок носителя фамилии жил на реке с названием Чернус или Чернуска — такие гидронимы распространены в бассейне Днепра и Западной Двины. Речки Чернус (или Чернуска) известны, например, на Смоленщине и в Беларуси. Человек, переселившийся оттуда, получал прозвище Чернусский — «тот, кто с Чернуса».

Менее вероятна, но возможна версия от прозвища Чернус — так в некоторых говорах называли человека с тёмными волосами или смуглой кожей. Но в этом случае фамилия скорее приняла бы форму Чернусов или Чернусин. Суффикс -ский жёстко привязывает фамилию к месту, а не к личному качеству.

Сословно фамилии на -ский в XVII–XIX веках часто получали дворяне и духовенство, но Чернусский могла возникнуть и у крестьянина, если он переехал из одной деревни в другую — такие «географические» фамилии давали при переписях, чтобы отличить новосёлов. В современных телефонных справочниках и базах данных фамилия встречается единично, преимущественно в западных областях России и в Беларуси, что подтверждает её локальное происхождение.

Таким образом, Чернусский — типичная «речная» фамилия, указывающая на место, где жил родоначальник: у тёмной речки Чернус. Она не получила широкого распространения, но сохранила редкую словообразовательную модель, делающую её заметной среди тысяч фамилий на -ский.