Фамилия Чернягина — женская форма фамилии Чернягин, которая образована от прозвища или нецерковного имени Черняга. Основа здесь — корень «черн-», указывающий на тёмный цвет волос, кожи или глаз. Суффикс «-яг-» (как в словах «беляк», «толстяк») в русских прозвищах часто придавал уменьшительно-оценочный или пренебрежительный оттенок. То есть Чернягой могли назвать смуглого, черноволосого человека, причём с оттенком «такой чернявый, что даже немного необычный».

Модель образования фамилии — типичная для русской ономастики: основа на -а (Черняга) плюс патронимический суффикс -ин, который в древнерусском языке означал принадлежность: «сын Черняги». В женской форме окончание меняется на -а. Фамилия довольно редкая, но не уникальная: её однокоренные «родственники» — Черняев, Чернов, Чернышов, Черняк. Разница в суффиксе: -ев указывает на основу на мягкий согласный (Чернь), -ов — на твёрдый (Черн), а -ин — на основу на -а/-я.

Географически фамилия Чернягин встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской областях. Это зона бытования «акающих» говоров, где форма Черняга была естественной. Встречается также на Украине, где могла быть украинизирована как Черняга (без суффикса -ин).

По социальному происхождению Чернягины, скорее всего, крестьянского или мещанского корня. Фамилия не относится к дворянским — в «Бархатной книге» и списках служилых людей XVI–XVII веков она не зафиксирована. Но это не делает её «простой»: прозвища по внешнему признаку были одними из самых древних и устойчивых в русском быту, и носитель такой фамилии мог быть как рядовым пахарем, так и зажиточным ремесленником.

Особенность написания: в дореволюционных документах фамилию могли фиксировать через «е» — Чернягина (в некоторых говорах «чёрный» произносили как «черёный»). Однако в современных базах данных преобладает вариант с «е» после «р», что соответствует литературной норме.