Фамилия Черныгова — женская форма, образованная от мужской Черныгов. В основе лежит древнерусское прозвище или мирское имя Черныга, а то, в свою очередь, — от прилагательного «черный». В славянской традиции «черный» не всегда указывал на цвет волос или кожи: так могли называть человека смуглого, темноволосого, а также того, кто занимался «черной», то есть физически тяжелой или грязной работой, либо крестьянина, платившего подать «черному» (тяглому) люду.

Разбираем словообразовательную модель. Суффикс -ов- (-ев-) в фамилиях типичен для русского Севера, Поволжья и Сибири, но встречается повсеместно. В данном случае он присоединен к основе Черныг-, а конечный -а отпадает по правилам склонения: Черныга → Черныгов. Это притяжательная модель, отвечающая на вопрос «чей?»: сын Черныги. То есть первый носитель фамилии Черныгов (а позже и Черныгова) был потомком человека по прозвищу Черныга.

Интересная деталь: прозвище Черныга могло быть не только личным, но и топонимическим. В древнерусских источниках встречается название реки Черныга (приток Десны) и села Черныгово в разных губерниях. В таком случае фамилия могла возникнуть не от прозвища, а от названия местности: выходец из Черныгова или с Черныги получал прозвание Черныга, а его дети уже становились Черныговыми. Эта версия менее распространена, но вполне реальна для центральных и южных областей России.

В отличие от фамилии Чернышев (от «черныш» — черный, грязный), где суффикс -ш- указывает на конкретный признак, Черныгов через суффикс -ыг- передает более общее, возможно, уменьшительное или пренебрежительное значение. В ономастике такие формы (как Бобыга, Гордыга) часто фиксировались в писцовых книгах XVI–XVII веков. Фамилия редкая, не входит в сотни самых частых русских фамилий, но встречается в Белгородской, Курской и Воронежской областях — регионах, где в старину была высока плотность черносошного (свободного) крестьянства.